پیپٹائڈز استعمال کرتے وقت، ہم اکثر پیپٹائڈ کی پاکیزگی اور پیپٹائڈ مواد کے اشارے کا سامنا کرتے ہیں۔ بہت سے لوگ سوچ سکتے ہیں کہ ان کی پیپٹائڈ کی پاکیزگی 95% کیوں ہے لیکن پیپٹائڈ کا مواد صرف 80% ہے۔ اس کی وجہ یہ ہے کہ یہ دو بالکل مختلف تصورات ہیں۔
پیپٹائڈ پیوریٹی: پیپٹائڈ پیوریٹی HPLC تجزیہ کا استعمال کرتے ہوئے 214 nm (214 nm پیپٹائڈ چین کی جذب طول موج ہے) پر پائے جانے والے ہدف پیپٹائڈ کی مقدار سے مراد ہے۔
پیپٹائڈ مواد: اس سے مراد ایک نمونے میں پیپٹائڈس کے غیر{0}} مادوں کی نسبت پیپٹائڈس کا فیصد ہے۔
پیپٹائڈ کی پاکیزگی HPLC کے ذریعہ 214 nm پر پائے جانے والے ہدف پیپٹائڈ کے مواد سے مراد ہے (214 nm پیپٹائڈ چین کی جذب طول موج ہے)۔ ٹارگٹ پیپٹائڈ کے علاوہ، HPLC نجاستوں کا پتہ لگا سکتا ہے جن میں شامل ہیں: حذف شدہ ترتیب (ہدف کی ترتیب جس میں ایک یا زیادہ امینو ایسڈ کی باقیات موجود نہیں ہیں)، کٹے ہوئے سلسلے (تحفظ کے دوران پیدا ہونے والے سلسلے)، اور نامکمل طور پر غیر محفوظ شدہ ترتیب (جس کے نتیجے میں ترکیب کا عمل یا حتمی عمل)۔ تاہم، HPLC پانی اور بقایا نمکیات جیسے trifluoroacetate (TFA) اور ایسیٹیٹ کا پتہ نہیں لگا سکتا۔ پیپٹائڈ کی ترکیب کے دوران، پیپٹائڈ کی ترتیب کو TFA کا استعمال کرتے ہوئے رال سے صاف کیا جاتا ہے، اور TFA کی ایک چھوٹی سی مقدار بھی طہارت کے دوران پیدا ہوتی ہے۔ لہذا، مفت امینو ٹرمینس اور پیپٹائڈ کی دوسری طرف کی زنجیریں، جیسے Arg، Lys، اور His، تھوڑی مقدار میں TFA کی نجاست پیدا کر سکتی ہیں۔ ایک اور مسئلہ نمی ہے۔ پیپٹائڈس کو عام طور پر لائو فلائزیشن کا استعمال کرتے ہوئے پانی کی کمی ہوتی ہے، لیکن اس کے باوجود، ہم آہنگی کے پابند ہونے کی صلاحیت کے لحاظ سے پانی مختلف ڈگریوں تک موجود رہے گا۔ لہذا، ڈیلیور کردہ پیپٹائڈز میں عام طور پر TFA نمکیات اور پانی کی مقدار کا پتہ چلتا ہے، جو HPLC کے ذریعے ناقابل شناخت ہیں، اس طرح پیپٹائڈ کے مواد اور پاکیزگی میں فرق پیدا ہوتا ہے۔
